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木瓜叶提取物可用作杀虫剂，对付各种生物及其幼虫，如蚊子、蚜虫、毛虫和蠕虫。木瓜叶提取物中具有杀虫作用的有毒化合物是生物碱、木瓜蛋白酶和氰甙。通过将木瓜叶捣碎并在水中浸泡过夜，可以从中提取多用途杀虫剂。过滤该混合物并加入肥皂和溶剂进行稀释。然后将这种水性（和可生物降解的）溶液喷洒在农作物、植物和农产品上。除了具有杀虫特性外，其他木瓜叶化合物（如黄酮醇和单宁酸）也具有抗菌特性。
木瓜蛋白酶
木瓜叶杀虫剂含有木瓜蛋白酶，这是一种蛋白水解酶，可将蛋白质分解成更小的化合物，例如氨基酸。当喷洒在植物上时，木瓜蛋白酶可以防止毛虫侵扰和它们对叶子的消耗。然而，科学家们还不了解木瓜蛋白酶起作用的确切机制。日本国立农业生物科学研究所等组织在日本进行的研究表明，木瓜蛋白酶对许多食草昆虫有毒。
生物碱
木瓜叶杀虫剂中含有芹菜碱等生物碱。这是一种“驱虫生物碱”，已知用作驱除肠道蠕虫和其他寄生虫的民间疗法。生物碱（如卡帕因）通过收缩血管和抑制自主神经系统活动发挥作用。这种化合物有助于杀虫剂控制携带疟疾的按蚊幼虫的有效性。用户将杀虫剂喷洒在蚊子产卵的死水池中。生物碱杀死幼虫，破坏蚊子的生命周期并防止疟疾传播。
氰甙
氰苷是木瓜叶中天然存在的化合物，可分解成氰化物。氰化物本身对生物体有毒，因为它会抑制氧气在生物过程中的使用。美国农业部和爱荷华州立大学昆虫学系的研究人员对昆虫进行了测试，发现硫氰酸盐化合物（在木瓜叶中发现）会干扰昆虫的呼吸。
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